Jenjang Pascasarana di Magister Ilmu Kedokteran Tropis FKKMK UGM dijadwalkan sekurang-kurangnya 4 semester. Jenjang S2 Ilmu Kedokteran Tropis FKKMK UGM terbuka untuk lulusan Sarjana Biologi, Farmasi, Kedokteran, Kedokteran Hewan, Peternakan, Perikanan, Kesehatan Masyarakat, Keperawatan, Gizi Kesehatan, Pertanian, Analis, Politeknik, MIPA, dll.