Beberapa lembaga nasional yang bekerja sama dengan Program Studi Magister Ilmu Kedokteran Tropis FK-KMK UGM antara lain sebagai berikut.
B2P2VRP Salatiga
B2P2VRP Salatiga merupakan lembaga yang fokus dalam penanganan penyakit yang disebabkan oleh vektor. Mereka menciptakan rumusan dan terobosan terbaru mengenai cara penanganan permasalahan melalui hasil penelitian yang melibatkan berbagai banyak pihak.
PT Biofarma Bandung
PT Biofarma Bandung telah bekerja sama dengan Kedokteran Tropis khususnya bagi mahasiswa konsentrasi Bologi Molekuler dan Imunologi Penyakit Tropis
Rumah Sakit Sardjito, Sleman Yogyakarta
RS Sardjito merupakan salah satu mitra terbesar Prodi Kedokteran Tropis yang bergerak dalam bidang kesehatan. Rumah sakit ini juga berafiliasi dengan Universitas Gadjah Mada yang turut serta dalam upaya peningkatan kualitas pendidikan baik dalam lingkup dalam maupun luar negeri.
RSPI Sulianti Saroso, Jakarta
Rumah Sakit Penyakit Infeksi (RSPI) merupakan rumah sakit yang khusus dalam menangani penyakit infeksi. Rumah sakit ini telah lama bermitra dengan Prodi Magister Ilmu Kedokteran Tropis sejak lama
Balai Besar Veteriner Wates
Kerja sama Magister Ilmu Kedokteran Tropis telah terjalin sejak lama dan terus berlangsung hingga saat ini untuk menciptakan kurikulum pendidikan yang lebih baik.
Dinas Kesehatan Kab. Kulon Progo
Dinas Kesehatan Kabupaten Kulon Progo merupakan lembaga pemerintah yang berfokus dalam bidang kesehatan. Lembaga ini telah lama menjadi partner kerja sama Kedokteran Tropis sejak lama.
Puskesmas Mlati 2, Sleman
Puskesmas Mlati 2 merupakan mitra kerja sama Prodi Magister Ilmu Kedokteran Tropis FK-KMK UGM yang bergerak dibidang layanan kesehatan masyarakat di daerah Sleman.