Program Studi S2 Ilmu Kedokteran Tropis (IKT) Universitas Gadjah Mada (UGM) didirikan berkaitan dengan banyaknya penyakit tropis di Indonesia yang perlu ditangani secara profesional dan berkualitas. Pada saat itu di Indonesia belum ada pusat studi yang menyelenggarakan Program Studi S2 Ilmu Kedokteran Tropis.
Berhubungan dengan masalah tersebut di atas, maka Program Studi S2 IKT perlu diselenggarakan untuk memenuhi kebutuhan tenaga yang mampu mengembangkan dan menerapkan berbagai ilmu pengetahuan dan teknologi kedokteran yang berkaitan dengan penyakit tropis, merumuskan serta memecahkan masalah kedokteran tropis berlandaskan ilmu pengetahuan dan teknologi kedokteran dalam wawasan global.
Tahun akademik 1994/1995, Program Studi S2 IKT dibuka, yaitu sebagai salah satu minat utama di bawah Program Studi S2 Ilmu Kesehatan Masyarakat (IKM), pada waktu itu yang menjabat sebagai ketua minat adalah Prof. Dr. dr. Noerhajati Soeripto, DTM&H. Tiga tahun kemudian, berkaitan dengan usulan Proyek URGE dari DIKTI diterima, maka Program Studi S2 IKT memisahkan diri dari IKM, dan menjadi Program Studi S2 IKT dengan Surat Keputusan dari Direktur Jendral Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia tertanggal 14 September 1998, Nomor : 328/DIKTI/Kep/1998. Sebagai pengelola Program Studi tetap Prof. Dr. dr. Noerhajati Soeripto, DTM&H.
Tahun akademik 1997/1998, dalam rangka pengembangan program, Program Studi S2 IKT membuka 2 minat utama, yaitu minat utama I : Penyakit Tropis, dengan ketua minat Prof. dr. Soesanto Tjokrosonto, McommH, MSc., DTM&H, PhD, DLSHTM, dan minat utama II : Imunologi dan Biologi Molekuler Penyakit Tropis dengan ketua minat Prof. dr. Marsetyawan HNES, MSc., PhD.
Tahun akademik 1998/1999, dibuka 3 minat utama, yaitu minat utama I : Penyakit Tropis, sebagai ketua adalah Prof. dr. Soesanto Tjokrosonto, McommH, MSc., DTM&H, PhD, DLSHTM; Minat II : Imunologi dan Biologi Molekuler Penyakit Tropis, dengan ketua minat Prof. dr. Marsetyawan HNES, MSc., PhD, dan minat utama III : Kesehatan Tropis dengan ketua minat dr. Haripurnomo Kushadiwijaya, MPH, Dr.PH. Sampai dengan tahun 2000, Ketua Pengelola Program Studi S2 IKT dipegang oleh Prof. Dr. dr. Noerhajati Soeripto, DTM&H.
Mulai tahun 2001 sampai dengan tahun 2002, Ketua Pengelola Program Studi S2 IKT, dipegang oleh Prof. dr. Supargiyono, DTM&H, SU, PhD, dan pada saat itu membuka 4 minat utama yaitu: minat utama I : Penyakit Tropis, sebagai ketua adalah Prof. dr. Soesanto Tjokrosonto, McommH, MSc, DTM&H, PhD, DLSHTM; minat utama II : Imunologi dan Biologi Molekuler Penyakit Tropis, dengan ketua minat Prof. dr. Marsetyawan HNES, MSc., PhD, minat utama III : Kesehatan Tropis dengan ketua minat dr. Haripurnomo Kushadiwijaya, MPH, Dr.PH, dan minat utama IV : Entomologi Kesehatan dengan ketua minat : Prof. dr. Sugeng Juwono Mardihusodo, DAP&E, MSc.
Pada tahun akademik 2004-2010 Pengelola S2 Ilmu Kedokteran Tropis Fakultas Kedokteran UGM adalah Prof. Dr. dr. Soeyoko, DTM&H, SU, sekretaris : Dra.E. Sutarti,SU; sekretaris harian : Bernadeta Susilowati, Ssi dan bendahara : DR.dr. Mahardika Agus Wijayanti DTM&H, MKes.
Sebagai Ketua minat utama I: Penyakit Tropis Klinis: Dr. dr. Bambang Udji Djoko Riyanto, SpTHT, M.Kes, Ketua minat utama II : Imunologi & Biologi Molekuler Penyakit Tropis, dr.Yanri Wijayanti SpPD, PhD, Ketua minat utama III : Kesehatan Tropis, adalah dr. Moh.Juffri,PhD, dan ketua minat utama IV : Entomologi Kesehatan, dr. Tri Baskoro Tunggul Satoto, MSc, PhD.
Sejak 2010/2012 Pengelola Program Studi S2 Ilmu Kedokteran Tropis dijabat oleh DR.dr. Mahardika Agus Wijayanti DTM&H, MKes. Sebagai Ketua Prodi, dan Dra Ning Rintiswati M.Kes sebagai sekretaris. Sebagai Ketua minat utama I: Penyakit Tropis Klinis: Dr. dr. Bambang Udji Djoko Riyanto, SpTHT, M.Kes, Ketua minat utama II : Imunologi & Biologi Molekuler Penyakit Tropis, dr.Yanri Wijayanti SpPD, PhD, Ketua minat utama III : Kesehatan Tropis, adalah dr. Moh.Juffri,PhD, dan ketua minat utama IV : Entomologi Kesehatan, dr. Tri Baskoro Tunggul Satoto, MSc, PhD.
Tahun akademik 2014/2015 ini Pengelola Program Studi S2 Ilmu Kedokteran Tropis Fakultas Kedokteran UGM oleh DR. Dra. Ning Rintiswati, M.Kes, dengan Sekretaris Program Studi dr. E. Elsa Herdiana M, M.Kes, Ph.D. Periode Tahun Akademik 2015/2016 – 2019-2020 Ketua Program Studi dr. E. Elsa Herdiana M, M.Kes, Ph.D dan Sekretaris Program Studi dr. Ida Safitri Laksanawati, Sp.A.
Periode Tahun Akademik 2020/2021 ini, Pengelola Program Studi S2 Ilmu Kedokteran Tropis, Fakultas Kedokteran UGM sebagai berikut:
| Jabatan | Nama |
| Ketua Program Studi | dr. Riris Andono Ahmad, MPH, Ph.D |
Didukung oleh beberapa bidang yakni:
- Bidang Penjamin Mutu : Dr. dr. Bambang Udji Djoko Riyanto, SpTHT, M.Kes
- Bidang Pengembangan Kurikulum: dr.Yanri Wijayanti SpPD, PhD, Prof.dr. Moh. Juffri,PhD, dr. Tri Baskoro Tunggul Satoto, MSc, PhD, Prof Wayan Tunas Artama Drh, PhD, dan Dr. Dra. Erna Kristin, Apt., M.Si
- Bidang Assesmen: DR.dr. Mahardika Agus Wijayanti DTM&H, MKes